医药O2O模式下，不论是与第三方平台合作，还是自建私域商城、小程序，连锁药店都存在着些许顾虑，需要在摸索中去慢慢解决。
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第三方合作的困惑
1.无法掌握消费者数据
据四川德仁堂医药集团董事长邹康禄介绍，虽然很多连锁都在积极布局O2O，但目前O2O业务对第三方平台的依赖性过大，而在做第三方平台运营过程中，无法掌握消费者数据则是连锁最大的困惑。因此，未来是否继续与第三方平台合作，亦或自建平台、做私域流量，这是很多连锁正在思考的问题。
2.平台费用高，毛利低
在做O2O的实践中，连锁还存在低毛利的问题。一方面，第三方平台要扣点12%-15%的入驻费用，若借用平台配送，配送费还要另算，线上卖药利润少之又少。另一方面，线上消费者比价的特性，使得O2O的发展加速了连锁利润空间缩减的进程，尤其是在上海、深圳、南京等消费力强、消费者购买频次高的城市，价格竞争异常激烈。
“流量掌握在别人手中，连锁若想有销售业绩，或者提供价格优惠，或者做好服务，但服务在第三方平台上又因很难触达到用户而难以实施，因此只能去打价格战。”山东燕喜堂医药连锁有限公司新零售事业部经理王刚表示。
一些地区甚至陷于自杀式争夺、赔钱赚吆喝的恶性竞争境地。连锁做特价产品、店铺满减是常态，满减力度惊人，比如49减25、38减27等。而包邮的起送价也越来越低，从以往的38元降到15元，甚至低至10元、8元，基本处于不赚钱的状态。据相关人士介绍，目前连锁O2O的毛利水平，部分相对较好的能达到20%以上，极少数做到27-28%，而低的只有百分之十几，甚至10%左右。
在这样的情况下，一些连锁陷入了两难的矛盾中。不做O2O则客流会被抢走，做了O2O又会导致企业利润下降，很多都是被逼无奈才去做。于是出现了一些四五线城市的连锁，即使合作第三方也自建了APP等平台，但并不想主动推广，去将线下消费者推到线上去购物，因为推广之后没有赢家、全是输家，因而销售也不多，他们在矛盾中等待非做不可或时机成熟的临界点的到来。
自营平台的难点
1.流量有限
西安怡康医药连锁有限责任公司电商事业部负责人刘辉表示，O2O自营板块的一个致命因素就是没有流量来源，所以做起来就会很累。如果企业领导层具有线上线下一体化的思维，则会主导整个企业进行线上线下平台一体化的改造，有意引导消费者到线上，并进行长期管理。然而据作者了解，仍有很多企业没有互联网信仰，对此存在误解，认为仅是从左手倒到右手而已。
药赋能科技CEO、医药互联网行业专家邵清也对流量少的原因进行了总结，认为三个问题导致流量不足：
第一，药品是低频产品，想通过O2O吸引流量将平台推起来，难度较大，所以未来一定要找到高频的产品做依托，同时品类也需要丰富；
第二，没有服务做支撑，若想将这件事情做成，必须要将服务转到线上；
第三，目前自营O2O平台的产品价格相对较高，这相当于将自己的客户往外赶。
“核心的竞争力就是我们能为消费者提供什么价值，才能够将他们吸引过来，找到高频的产品和专业的线上服务做支撑，是流量稳定的关键。”邵清说。
2.用户习惯很难改变
上海道拓医药科技股份有限公司新零售部总监燕刚认为，连锁做自营私域平台另一重要的难点是，客户的认知度和用户习惯很难改变，现阶段用户已经非常习惯到多快好省、本地生活覆盖很全面的美团等平台上消费驻足，同时若连锁品牌的影响力不足，他们只能通过活动满减、加大优惠力度等的烧钱方法，来改变顾客既有的消费习惯。
3.专业人才的顾虑
企业若想发展O2O新零售，技术是必须要过的难关，否则做出来的小程序要么专业性问题走不通，要么后台系统运行特别慢，若想解决必须聘用专业人才。前述业内人士表示，招聘一个好的项目经理，根据企业老板的思路和要求组织人员实施，基本上问题就能解决。但关键是很多人才还存在这样的疑问和顾虑：一个医药公司搞电商项目到底靠不靠谱，到底能不能坚持，想做多大，还是浅尝辄止。这是决定一个人才稳定的关键。
“在搭平台前，最重要的是思想的转变，不论是经营者还是员工层面的思想观念都要改变，即企业一把手是否想明白要长期做，企业是否有长效机制、有长期运营的准备。这需要时间需要坚持，需要企业一定的战略定力。”
4.各种系统的同步和衔接复杂
自营平台搭建以后，还有很多问题需要解决，摸索中不可避免的会踩坑。比如配送及库存同步、电子围栏设置、OMS系统和在线医生的研发、整体几大系统的打通等等，以及注意避免活动冲突等线上线下一体化的各种复杂事项。
线上库存若没有与门店库存进行同步，就会造成顾客下单后到店提货，发现门店已经售出，店员不得不出去借货，顾客体验感大大降低，投诉也会随之增多。成百上千的门店库存同步，则又牵扯到电子围栏的设置、LBS的定位，各个平台订单增多以后，还牵扯到多平台订单的快速处理和配送问题，OMS系统也要上线，等等，这些都是前期必须解决的问题，如何解决则考验各个企业的应对能力。
